最新要闻
- 3月物价数据透露哪些经济变化?促消费政策获得较大空间
- 天天报道:iPhone 15 Pro颠覆式设计取消了!郭明錤:苹果因技术问题放弃固态按键
- 丫丫将通过温控卡车运至机场:即将飞赴上海
- 又有新品牌了!长安启源A07亮相:颜值超高碾压一众国产
- 报道:推特突然“死亡”!马斯克正式启动打造美版微信
- 走过别错过!红蜻蜓126款休闲鞋/运动鞋/皮鞋清仓:79元绝世好价
- 环球观热点:三月三拜轩辕 | 全球华人同根同源——强月新
- 世界今亮点!雷军:小米13 Ultra将摆脱手机成片的“塑料味”
- 头条:淄博老板娘为赶高铁小伙1V1烤串!完美诠释“好客山东”
- 天天观察:苹果智能戒指专利首曝:VR场景交互只需动下手指
- 当前速读:1TB仅529元!致态TiPlus 7100固态硬盘新史低 选它还是选三星?
- 全球视讯!机构一致唱多金价 贵金属板块表现亮眼
- 每日视点!第八批国家组织药品集采中选结果公布
- 天天新资讯:公开叫停ChatGPT的马斯克暗渡陈仓玩得6 网友:他是懂中国兵法的
- 越野也不费油!坦克300 PHEV实车亮相:动力大增
- 实测RTX 4090平均20帧!《赛博朋克2077》成新一代“显卡危机”
手机
![iphone11大小尺寸是多少?苹果iPhone11和iPhone13的区别是什么?](http://tuxianggu.4898.cn/thumb/uploads/2020-07-29/db49b24a344ffac3e19f762856828ea8.jpg)
iphone11大小尺寸是多少?苹果iPhone11和iPhone13的区别是什么?
![警方通报辅警执法直播中被撞飞:犯罪嫌疑人已投案](http://i2.chinanews.com/simg/cmshd/2021/05/16/657ff48335db44a494ca7580d58c6477.jpg)
警方通报辅警执法直播中被撞飞:犯罪嫌疑人已投案
- iphone11大小尺寸是多少?苹果iPhone11和iPhone13的区别是什么?
- 警方通报辅警执法直播中被撞飞:犯罪嫌疑人已投案
- 男子被关545天申国赔:获赔18万多 驳回精神抚慰金
- 3天内26名本土感染者,辽宁确诊人数已超安徽
- 广西柳州一男子因纠纷杀害三人后自首
- 洱海坠机4名机组人员被批准为烈士 数千干部群众悼念
家电
易基因:METTL3介导的m6A甲基化谱调控肌肉干细胞成肌细胞状态转换|发育分化
2020年9月29日,《Cell Death Discovery》(IF: 7.109)杂志发表了题为“A defined N6-methyladenosine (m6A) profile conferred by METTL3 regulates muscle stem cell/myoblast state transitions”的研究论文,研究通过MeRIP-seq(m6A-seq)等实验鉴定了通过Mettl3在mRNA上的m6A沉积是否是体外和体内肌肉特异性成体干细胞(MuSC)/成肌细胞状态的调控因子。
标题:A defined N6-methyladenosine (m6A) profile conferred by METTL3 regulates muscle stem cell/myoblast state transitions(METTL3介导的m6A甲基化谱调控肌肉干细胞成肌细胞状态转换)
时间:2020.9.29
(资料图)
期刊:Cell Death Discovery
影响因子:IF 7.109
技术平台:MeRIP-seq、RNA-seq、m6A液相色谱/质谱(LC-MS)、RT-PCR等
项目设计
(1)样本选取:
Cg-Pax7 tm1(Cre / ERT2)Gaka / J小鼠(JAX:017763)与B6N.129S6-Gt(ROSA)26Sor tm1(CAG-tdTomato *,-EGFP)/ Ees / J小鼠杂交( JAX:005304)产生小树:Pax7 CreERT2;Rosa26 nTnG(以下称为Pax7 nTnG)。Pax7 nTnG小鼠用于所有肌肉损伤实验。普遍表达荧光素酶的小鼠FVB-TG(CAG-luc, -GFP)L2G85Chco / J(JAX:008450, CMV-luc小鼠)被用于分离供体细胞进行移植实验并被移植到免疫缺陷的NSG小鼠中(NOD. Cg-Prkdc scid Il2rg tm1Wjl / SzJ,JAX:005557)。
(2)项目设计流程图:
研究目的
肌肉特异性成体干细胞(MuSCs)为骨骼肌再生所必需。为确保损伤后骨骼肌的有效再生,MuSCs必须经历从静止状态被激活的状态转换,从而产生大量增殖的成肌细胞,并继续进行终末分化,修复或替换受损的肌纤维,或者自我更新以重新填充静止的细胞群。MUSC/成肌细胞状态的变化伴随着其转录谱的显著动态变化。此前研究已报道鉴定了成体干细胞系统中由m6A writers METTL3介导最丰富的内部mRNA修饰N6-甲基腺苷(m6A)发生了变化,并通过改变这些细胞的转录谱来调控细胞状态转换。本研究目的是确定通过METTL3的m6A修饰沉积是否在体外和体内对MUSC/成肌细胞状态转换起调节作用。研究使用液相色谱/质谱(LC-MS)分析表明在体内骨骼肌再生的早期阶段,整体m6A水平增加;在体外C2C12成肌细胞从增殖状态转变为分化状态时,整体m6A水平下降。使用m6A特异性RNA测序(MeRIP-seq)鉴定了m6A修饰的不同图谱,区分了增殖状态和分化状态的C2C12成肌细胞。RNAi研究表明,降低m6A甲基转移酶METTL3的活性水平可以降低整体m6A水平,并促进C2C12成肌细胞过早分化。在移植前降低原代小鼠MuSC中的METTL3水平可以增强了其在原代移植时的植入能力,但其连续移植能力缺失。总之,本研究证明了METTL3可以调控MuSCs/成肌细胞中的m6A水平,并调控MuSCs/成肌细胞向不同细胞状态的转变。此外本研究为增殖和分化C2C12成肌细胞中的m6A修饰提供了第一个转录组图谱,并揭示了可能调控MuSC/成肌细胞状态转换的新的基因。
实验结果
(1)在MuSC从增殖到分化过程中,整体m6A水平下降
图1:m6A修饰在再生骨骼肌和C2C12成肌细胞中受动态调控
(2)MeRIP-seq揭示了转录本特异性m6A修饰丰度的动态变化,但未揭示转录本上m6A修饰位点的频率变化
为了绘制由m6A标记的转录组在成肌细胞从增殖转换到分化时的动态变化,研究在GM和3d DM样品中进行了MeRIP-seq。MeRIP-seq证实了LC–MS数据,并揭示了在GM(相对于3d DM)样品中m6A修饰的转录本富集。在GM和3d DM样本中,m6A在转录本上的分布相似,最富集在编码序列和3′区域的边界区域。因此可以得出结论,m6A富集的整体和转录本特异性程序与维持成肌细胞在增殖状态有关,并且这种作用并非受转录本上m6A修饰位点差异驱动。
(3)单个转录本水平上的增殖特异性m6A谱的表征
MeRIP-seq分析显示1607 个m6A peaks代表862个富含GM的特异性基因;通过倍数变化> 1.0(GM / 3d DM)确定RNA-seq数据集中转录本表达的增加。MeRIP-seq和RNA-seq数据集之间受影响的分子功能通路的不完全重叠分析表明,GM期间m6A修饰的某些功能结果超出了增强的转录本稳定性和/或衰减。
图2:MeRIP-seq分析将转录调控鉴定为C2C12成肌细胞增殖过程中m6A修饰的主要靶点
(4)个体转录水平上分化特异性m6A谱的表征
3d DM MeRIP-seq数据集中富集了m6A的转录本进行了重复分析,鉴定出573 个m6A peaks与340个特异性基因相关,这些基因在3d DM与GM样品中显著富集。PANTHER GO-slim分子功能通路分析显示,与转录调控相关的分子功能通路比GM数据集中的更少。3d DM富集的最主要通路是微管结合(icrotubule binding)。与GM不同的是,MeRIP-seq数据集中鉴定的所有分子功能通路都包含RNA-seq数据集,这表明与GM相比,3d DM中与m6A修饰和转录丰度相关性更强。
图3:MeRIP-seq分析将微管结合鉴定为C2C12成肌细胞分化过程中m6A修饰的主要靶标
(5) Mettl3调控成肌细胞从增殖到分化的过渡
假设由于活性m6A writers Mettl3表达增加,m6A水平在GM样品中富集。为了模拟再生过程中的MuSC活性,培养C2C12成肌细胞和原代小鼠成肌细胞,然后通过血清限制促使其在体外分化;分化开始后,C2C12成肌细胞(图4a)和原代小鼠成肌细胞(图4b)中的Mettl3表达水平显著下降。
为确定单独m6A修饰沉积是否足以启动分化,用靶向Mettl3的siRNA处理C2C12成肌细胞,其成功地降低m6A修饰,而Mettl3敲低会减少细胞计数。还评估了Mettl3敲低对与增殖(Pax7)、早期分化(Myod1)和晚期分化(Myog)相关的MRF影响。Mettl3敲低后Myod1和Myog的基因表达显著增加,且显著增加表达eMHC的C2C12成肌细胞数量(eMHC是终末分化标志物),这些数据支持一种模型,在该模型中,增殖的C2C12成肌细胞中的Mettl3敲低可降低m6A修饰的整体水平并导致成肌细胞的过早分化。
图4:Mettl3敲低促进成肌细胞过早分化
(6)Mettl3基因敲低影响原发性MuSC植入
当在移植前将Mettl3敲低时,移植的MuSC植入和生物发光表达的可能性得到改善。
图5:Mettl3敲低增强了初次移植后的MuSC植入
关于易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术
易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域;可应用于动物、植物、细胞及组织的m6A检测。
大样本量m6A-QTL性状关联分析,传统MeRIP单个样品价格高,通常难以承担。易基因开发建立MeRIP-seq2技术,显著提成IP平行性,实现不同样本间相对定量,降低检测成本。
易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术:
- m6A甲基化-常量mRNA 甲基化测序(MeRIP-seq)
- m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序(lnc-MeRIP-seq)
- m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化测序(Micro-lnc-MeRIP-seq)
- 高通量m6A甲基化-常量mRNA甲基化测序(MeRIP-seq2)
技术优势:
- 起始量低:样本起始量可降低至10-20μg,最低仅需1μg总RNA;
- 转录组范围内:可以同时检测mRNA和lncRNA;
- 样本要求:可用于动物、植物、细胞及组织的m6A检测;
- 重复性高:IP富集重复性高,最大化降低抗体富集偏差;
- 应用范围广:广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症的发生与发展、药物应答等研究领域。
研究方向:
m6A甲基化目前主要运用在分子机制的理论性研究
- 疾病发生发展:肿瘤、代谢疾病(如肥胖/糖尿病)、神经和精神疾病(如阿尔兹海默症/抑郁症)、炎症…
- 发育和分化:早期胚胎发育、个体/组织/器官生长发育、干细胞分化与命运决定、衰老
- 环境暴露与响应:污染、抗逆、生活方式
关于m6A甲基化研究思路
(1)整体把握m6A甲基化图谱特征:m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析
(2)筛选具体差异m6A peak和基因:差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示
(3)m6A甲基化组学&转录组学关联分析:Meta genes整体关联、DMG-DEG对应关联、m6A修饰目标基因的筛选策略
(4)进一步验证或后期试验
易基因科技提供全面的RNA甲基化研究整体解决方案。
参考文献:
Gheller BJ, Blum JE, Fong EHH, Malysheva OV, Cosgrove BD, Thalacker-Mercer AE. A defined N6-methyladenosine (m6A) profile conferred by METTL3 regulates muscle stem cell/myoblast state transitions. Cell Death Discov. 2020;6(1):95.
相关阅读:
项目文章 | 90天见刊,易基因m6A RNA甲基化(MeRIP)+转录组组学研究
干货系列:m6A RNA甲基化研究的数据挖掘思路
干货系列:高通量测序后的下游实验验证方法——m6A RNA甲基化篇
干货系列:m6A RNA甲基化研究的前期探索性实验思路
关键词:
-
易基因:METTL3介导的m6A甲基化谱调控肌肉干细胞成肌细胞状态转换|发育分化
2020年9月29日,《CellDeathDiscovery》(IF:7 109)杂志发表了题为“AdefinedN6-methyladenosine(m6A)profileconfe
来源: -
-
-
易基因:METTL3介导的m6A甲基化谱调控肌肉干细胞成肌细胞状态转换|发育分化
全球快资讯丨中骏集团称已备好即将到期美元债兑付资金 拟发行第二支中债增全额担保中票
3月物价数据透露哪些经济变化?促消费政策获得较大空间
天天报道:iPhone 15 Pro颠覆式设计取消了!郭明錤:苹果因技术问题放弃固态按键
丫丫将通过温控卡车运至机场:即将飞赴上海
又有新品牌了!长安启源A07亮相:颜值超高碾压一众国产
报道:推特突然“死亡”!马斯克正式启动打造美版微信
走过别错过!红蜻蜓126款休闲鞋/运动鞋/皮鞋清仓:79元绝世好价
h3c路由器如何恢复出厂设置?h3c路由器配置命令大全
小米手机卡顿反应慢是什么原因?小米手机卡顿反应慢怎么解决?
ssd极速固态硬盘怎么样?ssd极速固态硬盘排名前十
iphone4的显示屏分辨率是多少?iphone4版本太低怎么下载软件?
AMD速龙QL64CPU性能怎么样?amd速龙系列cpu天梯图
Zabbix“专家坐诊”第187期问答汇总
每日报道:数据开发提效有秘诀!离线开发BatchWorks 六大典型场景拆解
全球观天下!公司入职一个阿里大佬,把 Spring Boot 系统启动时间从 7 分钟降到了 40 秒!
HTML中的pre-load 和 pre-fetch
全球最资讯丨京准GPS北斗卫星网络授时服务器助力高速智慧交通
环球观热点:三月三拜轩辕 | 全球华人同根同源——强月新
世界今亮点!雷军:小米13 Ultra将摆脱手机成片的“塑料味”
头条:淄博老板娘为赶高铁小伙1V1烤串!完美诠释“好客山东”
天天观察:苹果智能戒指专利首曝:VR场景交互只需动下手指
当前速读:1TB仅529元!致态TiPlus 7100固态硬盘新史低 选它还是选三星?
全球视讯!机构一致唱多金价 贵金属板块表现亮眼
世界热议:全网最详细中英文ChatGPT-GPT-4示例文档-场景问题智能生成从0到1快速入门——官网推荐的48种最佳应用场景(附python/node.js/
世界速讯:记一次kvm虚机mysql数据库磁盘扩容操作步骤及其问题小坑
每日视点!第八批国家组织药品集采中选结果公布
天天新资讯:公开叫停ChatGPT的马斯克暗渡陈仓玩得6 网友:他是懂中国兵法的
越野也不费油!坦克300 PHEV实车亮相:动力大增
实测RTX 4090平均20帧!《赛博朋克2077》成新一代“显卡危机”
每公里造价2.1亿!中国最贵高速公路预计2025年建成
全球观热点:被国产车打怕韩系车拼了 起亚新SUV赛图斯预售:仅9.19万元起
【独家】昆明部分店外增设“一米线”:商户可在线内摆摊
环球今日报丨中国国债期货收益指数今日发布
今日精选:比五菱MINI EV还便宜?奇瑞“棒棒糖”亮相:油门到底时速能到100km
重点聚焦!小米成中国市场周销量安卓第一!高端旗舰小米13 Ultra本月发布
焦点速讯:你达标了吗?国内人均存款增加1.2万:人民币存款继续增长
天天视点!初代跑男重聚引热议:邓超李晨王宝强等合照引回忆杀
32岁婆孙恋爆红网络!日本61岁奶奶交往29岁男子 网友感叹相貌绝了
新动态:让你脑洞大开的MySQL优化技巧
多地超前谋划专项债项目 “早发快用”加力稳投资
微速讯:女生在冬季剪什么发型好看呢?
天天热头条丨行业首款卫星通信5G手机!中兴Axon 50 Ultra吴京代言图公布:背部外观揭晓
【独家】韩国4月前10天芯片出口下降近40%:1TB SSD三星降599没人买 国产崛起
环球热点评!中老铁路国际旅客列车明日开通:万象到昆明南二等座470元
全球信息:大疆8K航拍无人机明天发 悟3真机亮相:个头感受下
天天观察:97版三兄弟代言!《天龙八部2:飞龙战天》4月14日公测:完美世界发行
每日看点!女子没开会员追剧需看50多分钟广告:遇到了BUG是个例
环球热议:酒也分贵贱? 专家:洋酒就没文化含量 中国酒文化才叫源远流
世界微动态丨图赫尔:0比3输球的结果很苦涩,但今天我爱上了我的球队
环球观点:CSS杂谈——flex布局里面的auto到底多长
光栅化算法-中点画圆算法
Win无敌二十多年后 微软又抓到了AI风口:印度裔CEO立大功
环球关注:“小号Mate 50 Pro”!华为畅享60X来了:骁龙680、又一技术行业首发
全球观点:这株极品牡丹居然有“带刀侍卫”!24小时守护
当前关注:地表能效第一!锐龙9 7950X3D深入测试:i9-13900K无言以对
焦点讯息:SSD散热器疯了:比显卡都要高!还有暴力风扇
最新快讯!2023年北京市积分落户申报时间安排一览表
世界资讯:微信小程序:接手项目,修bug
焦点简讯:选择大城市逐梦还是小城市安稳
世界快消息!电动自行车电池爆炸由谁赔偿?律师:销售商也有责任
每日热闻!会“跳舞”的汽车你见过吗?比亚迪云辇系统再次引领行业
全球热议:韩国26岁女星被发现在家中去世:新剧拍摄中 死因未透露
Python中struct 模块的使用教程
焦点观察:once do, do it well
全球资讯:华为小米vivo一加重磅新机汇总!接下来10天有的看了
世界球精选!终于不缺货了!小米13 Ultra订单增加50%:不愁买不到
视讯!这才是青春_山东聊城市中考满分作文 中考满分作文:静待一场幸
SpringApplication详解
焦点讯息:OpenAI Translator | 基于ChatGPT API全局翻译润色解析及ORC上传图像翻译工具
当前报道:锁屏面试题百日百刷-kafk篇(一)
环球热议:“三轮跑车”尬舞!又被比亚迪装到了 国产车控黑科技登场
每日快播:安“踏”李宁
天天速讯:月薪2万女高管不服从工作安排被炒获赔98万:网友力挺
出水芙蓉?真人版《小美人鱼》电影照更新:黑小美人鱼特写来了
Turtlebot3仿真代码学习笔记
世界热点!.NET 个人博客系统
五金店卖什么卖得最好_五金店卖什么
天天新消息丨腾讯国漫手游《狐妖小红娘》宣布停运 6月16日关闭服务器
电动版帕萨特这模样?大众ID.7申报图亮相
视焦点讯!3599元起 铭凡推出NPB7迷你主机:i7-13700H、双雷电4
天天速读:丰田醒了 可睁开眼发现:世界已经变了!
南方的网友注意了 沙尘已跨过长江!北京影响已到末期
day07-OpenFeign-服务调用
看热讯:stm32 使用多串口通信调试总结
速讯:记录-css实现交融文字效果
环球最新:阿里云 - 连接不同VPC方案
天天时讯:紫薯泥怎么做好吃-紫薯泥
【天天新视野】本周发布!徕卡M11 Monochrom详细规格曝光
旗舰功能全下放!华为nova 11 Ultra曝光:卫星通信、可变光圈都支持
焦点速看:米粉催雷军发小米13 Ultra:你敢发我就敢买
电脑里破解软件又少一款!Win11原生录屏免费平替了:新增快捷键
绝对忠诚?超八成iPhone用户丢机后秒换新款iPhone
全球快讯:从spring boot泄露到接管云服务器平台
ThreadPoolExecutor源码学习
图文介绍 Windows 系统下打包上传 IOS APP 流程
【Visual Leak Detector】使用注意事项
一个TCP 连接可以发送多少个HTTP请求?
为什么打不开空间_腾讯官方的解决方法
《终结者》T-1000成真!科学家研制出可固液转变机器人 形态科幻