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焦点信息:易基因： m6A RNA甲基化研究的前期探索性实验思路｜干货系列

来源：博客园

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。

近年来，m6A RNA甲基化作为国家自然科学基金表观遗传学研究的热门领域，相关研究成果层出不穷，高分文章不断。研究方向包括疾病发生发展、发育和分化、环境暴露与响应等。


(相关资料图)

研究人员为m6A甲基化课题申请作准备以及为降低m6A甲基化实验风险，通常会进行m6A甲基化研究的前期探索性实验，主要包括：

  • 检测m6A writers、readers、erasers的表达
  • 检测整体m6A甲基化水平变化
  • m6A writers、readers、erasers基因干扰/敲除/过表达
  • 其他前期实验

一、检测m6A writers、readers、erasers的表达

方法包括：

  • RT-qPCR检测其mRNA表达
  • Western blot检测蛋白质翻译

e.g. 小鼠脑损伤前后观察到METTL14和FTO的RNA表达显著变化

二、检测整体m6A甲基化水平变化

方法包括：

  • m6A甲基化免疫荧光染色（定性）
  • m6A斑点杂交（定性）
  • 质谱法（定量）
  • 比色法（定量）

三、m6A writers、readers、erasers基因干扰/敲除/过表达

方法包括：

  • 检测处理后潜在m6A修饰基因的蛋白表达
  • 检测处理后所研究的表型和功能变化

e.g.为了研究m6A修饰在抗病毒感染响应中的作用，发现siMETTL3/14处理会造成抗病毒相关基因的蛋白质翻译水平下调，METTL3/14过表达又造成相关基因蛋白质水平上调。

四、其他前期实验

在没有条件开展甲基化相关前期实验的情况下，也可以开展其他预实验。如：

  • 关键表型指标测定
  • 转录组（成本低廉）—— 基于m6A可调节转录本的成熟、降解、稳定性

在进行前期探索性预实验后，m6A RNA甲基化的研究思路与项目设计还包括：技术选择、数据挖掘、下游验证。

  • 技术选择：
  • m6A甲基化检测技术有哪些？
  • 如何根据现有的实验条件选择最合适的技术开始课题研究？

>>> 推荐阅读：技术推介｜常量/微量RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术介绍

  • 数据挖掘：
  • 理解每一步数据分析的目的和依据
  • 如何筛选m6A调控的目标基因

>>> 推荐阅读：干货系列：m6A RNA甲基化研究的数据挖掘思路

  • 下游验证：
  • 如何开展m6A调控目的基因表达的验证实验
  • 高分突破：打通机制研究思路

>>> 干货系列：高通量测序后的下游实验验证方法——m6A RNA甲基化篇

以上就是关于m6A RNA甲基化研究的前期探索性实验及研究思路分享。

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