最新要闻
- 今日看点:华建集团下属公司水利院联合签署有关防洪能力提升工程合同
- 腾势N7做了违背王传福的决定!比亚迪首款智能车30万开卖
- 每日简讯:极摩客新一代迷你主机要上14代酷睿 GPU追赶RTX 3050
- 理想联合创始人沈亚楠退出公司股东行列:李想持股比例超95%
- 【当前热闻】董明珠谈预制菜:要让世界爱上中国味道
- 北科大用“卡脖子”技术做录取通知书!这种钢打破国外垄断
- 金丝兔压脚厂家(金丝兔)
- 入汛以来189条河流发生超警以上洪水
- 小米又对华为提专利无效宣告请求 细节揭秘:涉及拍照、4G/LTE技术
- 不讲武德!扎克伯格偷家马斯克:推特大乱Meta趁机火速上线竞品 热资讯
- 天天观察:意大利原装进口:100%橙汁9.7元/L抄底0脂肪
- 网友称看电影《消失的她》时发现靠背有针:影院连道歉都没有
- 076期书生大乐透预测奖号:区间比012路比分析 天天热闻
- 海尔洗衣机宣传抗菌率大于99%被罚3万_时快讯
- 每日快看:小孩影厅排泄致退票家长拒赔偿 年纪小不懂事:网友热议为啥要带出来
- 滚动:镓锗出口管制!概念股应声大涨,业内:半导体产业或受影响
手机
光庭信息跌4.57% 2021上市超募11亿2022扣非降74% 时快讯
搜狐汽车全球快讯 | 大众汽车最新专利曝光:仪表支持拆卸 可用手机、平板替代-环球关注
- 光庭信息跌4.57% 2021上市超募11亿2022扣非降74% 时快讯
- 搜狐汽车全球快讯 | 大众汽车最新专利曝光:仪表支持拆卸 可用手机、平板替代-环球关注
- 视点!美国首位女总统即将诞生?拜登恐怕要提前下岗,美政坛迎来变局?
- 当前速递!用理想仪器实现更好的颗粒 德国新帕泰克亮相CPHI & PMEC China获好评
- 微粒贷怎么申请开通 开通方法如下
- 焦点简讯:心疼!这位40岁的云南缉毒警,已是满头白发
家电
当前焦点!易基因: RRBS揭示基于DNA甲基化驱动基因的肾透明细胞癌预后模型的鉴定和验证|项目文章
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。
肾细胞癌(RCC)是最常见的肾癌亚型,每年超400万例新发病例,是泌尿系统恶性肿瘤导致的第二大死因。2%-70%的RCC为透明细胞RCC(Clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)。DNA甲基化(DNA methylation,DNAm)是主要的表观遗传修饰之一,在维持基因转录和基因组稳定性方面具有至关重要的作用。DNAm在ccRCC的发病机制中起着重要作用,许多研究集中于DNAm异常变化与ccRCC预后之间的相关性,但基于DNAm驱动基因的ccRCC预后模型鲜有报道。
2023年6月7日,南方医科大学附属龙华人民医院泌尿外科邓琼研究员等在《BMC Genomics》发表题为“Identification and validation of a DNA methylation-driven gene-based prognostic model for clear cell renal cell carcinoma”的研究论文,该研究以ccRCC患者的DNA为对象,通过简化基因组重亚硫酸盐测序(RRBS)等技术方法,鉴定出ccRCC患者的ccRCC早期诊断和预后的DNA甲基化生物标志物。深圳市易基因科技有限公司为本研究提供RRBS建库测序分析服务。
【资料图】
标题:Identification and validation of a DNA methylation-driven gene-based prognostic model for clear cell renal cell carcinoma(基于DNA甲基化驱动基因的肾透明细胞癌预后模型的鉴定和验证)
时间:2023-06-07
期刊:BMC Genomics
影响因子:IF 4.4
技术平台:RRBS等
摘要:
肾透明细胞癌(ccRCC)是一种形态异质且预后不良的恶性肿瘤。本研究旨在建立DNA甲基化(DNAm)驱动的ccRCC基因预后模型。本研究对ccRCC患者的DNA提取物进行了RRBS测序分析。对10对患者样本的RRBS数据进行分析以筛选候选CpG位点,然后训练并验证18个CpG位点模型,并结合临床特征建立了用于ccRCC预后或风险评估的列线图(Nomogram model)模型。研究在启动子区域鉴定出2261个DMR。经DMR筛选后,共筛选出578个候选基因,与450K芯片中的408个CpG二核苷酸相对应。从TCGA数据集中收集了478个ccRCC样本的DNAm图谱。通过单因素Cox回归、LASSO回归和多因素Cox比例风险回归分析对319个样本的training集进行分析,共鉴定出18个CpG的预后组。结合临床特征构建了预后模型,在测试集(test set,159个样本)和整组(whole set,478个样本)中,Kaplan-Meier曲线差异显著;ROC曲线和生存分析显示AUC>0.7。结合临床病理特征和甲基化风险评分的列线图表现较好,决策曲线分析也显示出有益的效果。
本研究深入了解了高甲基化在ccRCC中的作用。鉴定出的靶标可作为ccRCC早期诊断和预后判断的生物标志物。本研究对更好的风险分层和个性化治疗具有重要意义。
研究结果
(1)RRBS质控结果
表3:C和CpG位点甲基化和比对表4:CG、CHG、CHH平均甲基化水平(>1X深度)图1:样本间全基因组甲基化差异。
- 样本中CpG甲基化水平相关性。较大的圆形区域和较深的颜色表示高相关性。
- 聚类树状图。根据欧几里得距离,使用R.Ward.d2的hclust函数对样本进行聚类。选择最小方差方法作为聚类方法
(2)DMR鉴定
图2:DMR分析
- 平均甲基化差异。X轴代表甲基化差异。负值表示低甲基化。正值表示高甲基化。Y轴表示相应横坐标的DMR数量。
- DMR甲基化分布密度。X轴代表Ca组中的DMR甲基化水平;Y轴代表对照组中的DMR甲基化水平。DMR密度从低到高(白色到红色)。
- DMR在基因元件上的分布
(3)ccRCC预后模型构建
图3:差异甲基化CpG(differentially methylated CpG,dmCpG)位点鉴定。
A、 使用调谐参数(lambda)对CpG位点进行LASSO回归分析。
B、 蛋白质-蛋白质互作。
C、 18个dmCpG位点的DisGeNet疾病富集分析。
D、 18个dmCpG位点的GO富集分析
表5:预后模型中18个CpG位点的注释
(4)预后模型的Training
图4:training集中的风险评分
- 高风险组和低风险组患者的KM生存曲线。数据显示为四分位间距的中位数。使用Log-rank检验评估统计学显著性。虚线显示50%生存概率的显著性。
- 计算高风险和低风险患者的风险评分和生存状态等级。虚线显示区分ccRCC高风险和低风险患者的临界值。
- C.18个CpG位点甲基化水平热图。
- 风险评分的1年、3年、5年和10年ROC曲线。以临界值决定该模型的敏感性和特异性
图5:test集中的风险评分
(5)预后模型的验证
图6:基于预后模型和临床特征的列线图
预后模型和临床特征的单因素(A)和多因素(B)回归分析。(C)预测ccRCC患者1年、3年、5年和10年生存时间概率列线图
图7:模型校准和ROC评估
- 高风险组和低风险组患者的KM生存曲线。
- 预测ccRCC患者1年、3年、5年和10年总生存期(OS)的列线图。
C-F. 1年(C)、3年(D)、5年(E)、10年(F)的临床病理特征(绿色,与肿瘤分期诊断、年龄和肿瘤组织学分级相结合),RiskScore(红色)和NomoScore(黑色)的ROC曲线
结论
本研究分析了患者样本中的RRBS数据以筛选原始候选CpG位点,然后利用TCGA-KIRC数据训练和验证了18个CpG位点模型,并结合临床特征建立了用于ccRCC预后或风险评估的列线图模型。
基于该结果,研究开发并验证了这种新型预后模型是一种实用、可靠的ccRCC患者预后工具。本研究结果支持异常DNAm变化与肿瘤发生密切相关的观点,并为ccRCC提供了潜在的新型预后生物标志物,对更好的风险分层和个性化治疗具有重要意义。
关于易基因简化基因组甲基化测序研究解决方案
简化甲基化测序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS)是利用限制性内切酶对基因组进行酶切,富集启动子及CpG岛等重要的表观调控区域并进行重亚硫酸盐测序。该技术显著提高了高CpG区域的测序深度,在CpG岛、启动子区域和增强子元件区域可以获得高精度的分辨率,是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法,在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。
为适应科研技术的需要,易基因进一步开发了可在更大区域内捕获CpG位点的双酶切RRBS(dRRBS),可研究更广泛区域的甲基化,包括CGI shore等区域。
为助力适用低起始量DNA样本(5ng)量多维度甲基化分析,易基因开发了富集覆盖CpG岛、启动子、增强子、CTCF结合位点的甲基化靶向基因组测序方法:extended-representation bisulfite sequencing(XRBS),实现了高灵敏度和微量样本复用检测,使其具有高度可扩展性,并适用于有限的样本和单个细胞基因组CG位点覆盖高达15M以上。
技术优势:
- 起始量:100ng gDNA;
- 单碱基分辨率;
- 多样本的覆盖区域重复性可达到85%-95%、测序区域针对高CpG调控区域,数据利用率更高;
- 针对性强,成本较低;
- 基因组CG位点覆盖高达10-15M,显著优于850K芯片。
应用方向:
RRBS/dRRBS/XRBS广泛应用于动物,要求全基因组扫描(覆盖关键调控位点)的:
- 队列研究、疾病分子分型、临床样本的甲基化 Biomarker 筛选
- 复杂疾病及肿瘤发病机制等甲基化研究
- 模式动物发育和疾病甲基化研究
技术参数 | RRBS | DRRBS | cfDNA-RBS | Micro-RBS | sc-RBS |
---|---|---|---|---|---|
原理 | MspI酶切+连接接头 | 多酶切+连接接头 | CCGG邻近片段连接接头 | CCGG邻近片段连接接头 | CCGG邻近片段连接接头 |
样本要求 | 1μg | 1μg | 1ng | 1ng | 单细胞/1-10个细胞 |
测序数据量 | 10G | 15G | 20G | 20G | 2G |
5XCG位点覆盖 | 6M | 8M | 6M | 10M | 4-8M |
易基因科技提供全面的DNA甲基化研究整体解决方案。
参考文献:
Deng Q, Du Y, Wang Z, Chen Y, Wang J, Liang H, Zhang D. Identification and validation of a DNA methylation-driven gene-based prognostic model for clear cell renal cell carcinoma. BMC Genomics. 2023 Jun 7;24(1):307.
相关阅读:
oxRRBS+RRBS揭示牦牛下丘脑在神经调节和髓鞘形成中的表观调控机制
一文看懂|简化基因组DNA甲基化测序(RRBS)实验怎么做
一文读懂|精准简化基因组甲基化测序(RRBS+oxRRBS)分析怎么做
表观遗传学与脑卒中:DNA甲基化的作用及衰老对血脑屏障修复的影响
关键词:
当前焦点!易基因: RRBS揭示基于DNA甲基化驱动基因的肾透明细胞癌预后模型的鉴定和验证|项目文章
每日热讯!数据万象AVIF图片压缩 - 小程序省流量利器
环球快资讯:从0开始,手写MySQL数据管理器DM
Python中对open读取文件内容时的mode模式解析
收评:A股三大股指窄幅震荡 汽车产业链股全天走强 当前视点
今日看点:华建集团下属公司水利院联合签署有关防洪能力提升工程合同
腾势N7做了违背王传福的决定!比亚迪首款智能车30万开卖
每日简讯:极摩客新一代迷你主机要上14代酷睿 GPU追赶RTX 3050
理想联合创始人沈亚楠退出公司股东行列:李想持股比例超95%
【当前热闻】董明珠谈预制菜:要让世界爱上中国味道
北科大用“卡脖子”技术做录取通知书!这种钢打破国外垄断
金丝兔压脚厂家(金丝兔)
ChatGPT 让人们大吃一惊——以下三项技术可能会带来改变
北斗卫星时钟同步服务器(卫星授时服务)天线安装意见-每日热门
每日消息!债券通助力国家金融市场对外开放稳步推进
国家气候中心:预计今年盛夏我国气候状况为一般到偏差 极端天气气候事件偏多 独家焦点
入汛以来189条河流发生超警以上洪水
小米又对华为提专利无效宣告请求 细节揭秘:涉及拍照、4G/LTE技术
不讲武德!扎克伯格偷家马斯克:推特大乱Meta趁机火速上线竞品 热资讯
天天观察:意大利原装进口:100%橙汁9.7元/L抄底0脂肪
网友称看电影《消失的她》时发现靠背有针:影院连道歉都没有
076期书生大乐透预测奖号:区间比012路比分析 天天热闻
哪里需要写哪里,FromServices注入 — ASP.NET CORE
《太极张三丰》观后感
海尔洗衣机宣传抗菌率大于99%被罚3万_时快讯
每日快看:小孩影厅排泄致退票家长拒赔偿 年纪小不懂事:网友热议为啥要带出来
滚动:镓锗出口管制!概念股应声大涨,业内:半导体产业或受影响
动车售卖盒饭出现双层价签 12306:15元卖成35元违规|全球简讯
RTX 4090 Ti四插槽巨型散热器流出:有人要价888888元
中青报谈文字失语症:别让垃圾短视频废了可思化 网友有话说 每日消息
男子偷住无人别墅多日喝光6瓶茅台:家政打扫卫生时才发现
威马汽车:公司近期开始还债复产 CEO沈晖限消令已撤销
柏拉图中的累计百分比怎么算出来的_百分比怎么算出来的
kernel pwn入门
当前要闻:柏瑞投资:亚洲高收益债券最具吸引力
高考中文题简单!老师称在越南学好中文工资更高:当地人不加班不为钱放弃生活
每日速看!199元起 雷柏VT9 PRO无线鼠标上架:68g轻量化设计
大梁+四驱!新一代哈弗H5回归:长城史上最大SUV_世界独家
全球观速讯丨谨防上当!女子网上找补漏报价800上门变4300:已有多人被骗
全球观速讯丨不到半价:八喜自选口味冰淇淋15大杯90g狂促99元
漫威系列电影观影顺序_威漫电影观影顺序
世界信息:linux Nginx+Tomcat负载均衡、动静分离
世界今亮点!CakePHP教程_编程入门自学教程_菜鸟教程-免费教程分享
js的中的函数(一)
语音房源码搭建技术分享之降噪功能详解
C#.NET Framework 使用BC库(BouncyCastle) RSA 私钥签名 公钥验签(验证签名) ver:20230704 每日观察
香港特区政府财政司司长陈茂波:进一步强化香港作为全球离岸人民币业务枢纽和国际风险管理中心的地位-看热讯
环球新动态:可转债市场首个退市整理期敲定 市场风格分化明显
天天快资讯丨普里戈任再次发声寻求支持:“你们会看到我们在前线取得新的胜利”
新能源硬派越野!比亚迪方程豹首款车型定名:叫“豹5”
天天快播:男子用共享电动车拦婚车要钱 司机曝内幕:专业闹喜人 不要红包只要100块
前有阿维塔 后有深蓝 “亲儿子”启源如何突围?-最新
荣耀全家桶来袭:手表、平板、电视全都有 焦点热门
环球消息!终于透明了!广州新规:网约车驾驶员端需显示抽成比例
每日热闻!昀冢科技:7月3日融资买入200.78万元,融资融券余额4987.8万元
B站内测搜索AI助手:输入“?”即可体验!
【笔试实战】LeetCode题单刷题-编程基础 0 到 1【二】 全球观天下
环球报道:Linux调优+Tomcat调优,超级干货,一定珍藏
三步搞定CentOS7下的MariaDB 10_天天观天下
前沿资讯!vue通用的增删改查按钮组件
制氧设备相关内容简介介绍图片_制氧设备相关内容简介介绍
广汽埃安副总经理:让特斯拉跑网约车 可能3个月车就不行了
百度专为学习打造!小度青禾学习手机第二款入网:支持5G
广汽“奇葩” 埃安凶猛_当前滚动
资讯:浙江仙居太阳像戴了美瞳:绝美彩色光晕 专家科普为何形成
当前观点:苹果Apple Beta短暂维护:iOS 17公测版要来了
亚太实业7月4日开盘涨停
spring启动流程 (3) BeanDefinition详解 每日播报
【天天报资讯】前端Vue自定义精美宫格菜单按钮组件 可设置一行展示个数 可设置成九宫格 十二宫格 十五宫格
景区放“丑女”雕塑被指侮辱女性,官方回应
微信支付每月免费提现额度引热议:1.2万免费提你会用吗?
要大涨价还买吗?iPhone 15系列新配色曝光:新渲染图亮相
复旦教授谈为何中国出不了马斯克 要对失败和试错足够包容:网友吐槽
新型进网许可标志启用 你买的手机是正品吗?最新查询方法来了_全球观察
每日聚焦:药品说明书“看不清”“看不懂”? 国家药监局进行适老化改革
自学Python之路-django模板--jinja2模板引擎配置
行政处罚的种类有哪些?行政处罚记录如何申请消除?
高考满分是多少分?高考满分状元750有几个人?
夏天是几月到几月?夏天冰箱调到几档最合适?
今日精选:多家国有大行下调美元存款利率 专家称美元存款主要面临汇兑风险
环球热文:国际金融市场早知道:7月4日
【天天热闻】武夷山属于福建还是江西 ?武夷山又增一张世界级名片
369、JackeyLove退出亚运会《英雄联盟》名单:回应原因没想到
成都一新能源汽车行驶中电池掉落马路 官方回应 天天微资讯
天天讯息:多人组团偷吃榴莲致超市损失近千元 果核扔进柜底:画面看醉 太丢人
环球快看点丨读发布!设计与部署稳定的分布式系统(第2版)笔记18_基础层之联网
每日观察!遇到疯狂GC时进行判断然后重启服务的方法-GPT学习使用之三
全球今亮点!苹果公众号文案毁三观:女生卖掉有好感男生送的演唱会门票创业
【环球新视野】叫板苹果?干翻华为小米?这手机有点东西
汪小菲带2个孩子回北京,汪小菲与大s的判决书下来了
焦点热门:留给混动车的好日子 不多了
iQOO 11S明天发!渠道商直呼“太顶了”_天天日报
希捷酷狼PRO充氦硬盘上手:NAS好伴侣
12万建充电桩 轻松年入60万?我扒了扒内幕 那叫一个坑
腾势N7发布:比亚迪也来30万级的市场抢肉了!|环球新资讯
热消息:核子微探针_关于核子微探针概略
京东苹果自营店是苹果官方授权的吗(京东苹果13只能买一个吗)|全球今亮点
excel怎样设置快捷键(excel快捷键设置在哪里)|热头条
m3是什么单位?m3在电脑上怎么打出来?
笃是什么意思?笃的五笔怎么打?